BROZ sa dlhodobo venuje ochrane viacerých druhov rastlín a živočíchov, najmä prostredníctvom zlepšovania stavu ich biotopov. Zlepšujeme potravné a hniezdne biotopy pre viaceré druhy vtákov, biotopy pre cicavce, ale aj pre viaceré vzácne druhy rastlín. Obnovu rastlinných biotopov realizujeme najmä vďaka návratu pastvy do chránených území.
Obnova kolmých riečnych brehov pre rybárika riečneho, včelárika zlatého a brehuľu hnedú
Kvôli zhoršenej riečnej dynamike sa dnes kolmé brehy na Dunaji tvoria len veľmi zriedkavo a tieto vtáčie druhy prichádzajú o svoje hniezdiska. BROZ obnovuje kolmé riečne brehy odstraňovaním nepotrebného kamenného brehového opevnenia a obnovou obnažených kolmých stien. Na obnovenej riečnej stene v Chľabe zahniezdila kolónia 970 brehúľ hnedých. V roku 2012 to bola najväčšia hniezdna kolónia brehúľ na Dunaji na úseku od Nemecka po Srbsko.
Ochrana endemického hraboša panónskeho
Hraboš severský panónsky (Microtus oeconomus mehelyi) je podobne ako panda veľká endemitom, teda živočíchom, ktorého celosvetová populácia sa prirodzene vyskytuje len na jednom území. Ide o vybrané lokality na Slovensku, v Rakúsku a v Maďarsku. BROZ obnovuje biotopy tohto chráneného živočícha, ktorý žije pri riekach, v mokradiach a vlhkých lúkach, a ktorého biotopy vplyvom zintenzívnenia poľnohospodárskej výroby, lesného hospodárstva a regulácie vodných tokov postupne zanikajú.
Ochrana kriticky ohrozenej gáfrovky ročnej Camphorosma annua
BROZ obnovilo a spravuje jedny z posledných miest výskytu kriticky ohrozenej rastliny gáfrovka ročná. Rozloha slanísk, kde tento druh rastie bola v 60tych rokoch zredukovaná na necelých 500ha na území Slovenska. BROZ realizovalo úspešný projekt na obnovu slanísk, vďaka čomu sa zvýšila populácia tohto dnes kriticky ohrozeného druhu.
