Jedným z hlavných problémov pri ochrane korytnačky močiarnej je zánik a zmenšenie rozlohy jej prirodzených biotopov a nevyhovujúci stav biotopov existujúcich lokalít.
Korytnačky močiarne prichádzajú o vhodné biotopy nielen v dôsledku vysúšania a zazemňovania mokradí. Problémom je aj zarastanie územia krami a hustou vegetáciou a taktiež nezodpovedné správanie ľudí, ktorí robia z prírody smetisko. Problém s nelegálnymi skládkami je aktuálny na celom území Slovenska. O to väčšiu pozornosť mu treba venovať, ak sa vyskytne v chránenom alebo významnom území.
Prvým krokom, ktorý sme pre ochranu korytnačky močiarnej urobili, bolo upratanie a vyvezenie nelegálneho odpadu z lokalít. Dokopy sa z vyviezlo vyše 230 m3 odpadu. Jednalo sa najmä o neprírodný materiál, ako napríklad stavebný odpad, pneumatiky a veľké množstvá plastov. Nasledovalo aj presvetlenie lokalít odstránením drevín a konárov, ktoré zatieňovali miesta vhodné na slnenie korytnačiek.
Vyčistením lokalít od nepôvodného materiálu pomôžeme nielen korytnačkám močiarnym, ale aj mnohým iným druhom živočíchov a rastlín nájsť si lepšie podmienky na život a prosperitu. Aby sa v budúcnosti predchádzalo podobným situáciám, vyčistené lokality sme ohraničili, patrične označili a budeme ho pravidelne monitorovať. Ohraničenie lokalít navyše zabráni nechcenému rozorávaniu, ku ktorému dochádzalo počas orby priľahlých polí.
