Rozmanitosť druhov je podmienená ochranou biotopov. V BROZ k ochrane prírody pristupujeme komplexne a snažíme sa riešiť problémy tam, kde vznikajú. Obnovou degradovaných ekosystémov tak zabezpečujeme vhodné životné podmienky pre širokú škálu druhov rastlín a živočíchov. 

Od nášho vzniku sme realizovali množstvo projektov na obnovu mokradí, riečnych ramien, lúk, pasienkov a lesov. Podarilo sa nám zasadiť vyše 200 000 sadeníc pôvodných druhov stromov a obnoviť tak časti lužných lesov v okolí Dunaja. Sprietočnili sme 8 riečnych ramien na Dunaji, zrevitalizovali 2200 ha mokradí a obnovili 1 500 ha pasienkov a lúk.