Územie európskeho významu Domické škrapy bolo vyhlásené na ochranu a zlepšenie stavu cenných biotopov, ako sú vzácne stepi a suchomilné pasienky, ktoré sú typické svojou teplomilnou vegetáciou. Okrem toho tu nájdeme aj nížinné a podhorské kosné lúky, skalné biotopy, nedostupné jaskyne, porasty borievky obyčajnej, teplomilné kroviny a unikátne panónske dubové lesy s dubom plstnatým.
Zachovanie tohto územia je dôležité aj kvôli vzácnym stepným druhom, ktoré tu našli svoj domov. Medzi ne patri poniklec veľkokvetý, hadinec červený a včelník rakúsky, ktoré obohacujú miestne lúky. Zo vzácnych bezstavovcov tu žije koník slovanský (Stenobothrus eurasius) a motýle, ktoré zastupujú spriadač kostihojový a priadkovec trnkový. Na lokalite sa nachádza aj niekoľko druhov chránených netopierov.
Priadkovec trnkový (Eriogaster catax)
Hadinec červený (Echium maculatum)
Spriadač kostihojový (Callimorpha quadripunctaria)
Najväčšie ohrozenie pre tieto teplomilné biotopy predstavuje ústup tradičného obhospodarovania, zarastanie pôvodnými aj nepôvodnými drevinami, čo vedie k poklesu biodiverzity a strate vzácnych druhov. Pre ochranu a obnovu tohto územia je nevyhnutné prinavrátiť tradičné obhospodarovanie krajiny v podobe pastvy, ktorá pomôže zachovať toto unikátne miesto pre ďalšie generácie.
Poniklec veľkokvetý (Pulsatilla grandis)
Včelník rakúsky (Dracocephalum austriacum)