Územie európskeho významu Šúr (vrátane Národnej prírodnej rezervácie) sa nachádza na kontakte pohoria Malé Karpaty a Podunajskej nížiny. Vplyvom tektonických pohybov a akumulačnou činnosťou niekdajšej ramennej sústavy Dunaja vznikla terénna depresia, z juhu zahradená dunajskou Bernolákovskou terasou, ktorá kumuluje vody pritekajúce z Malých Karpát. Podložie je prevažne nepriepustné, tvorené hlavne ílmi, ílovitými hlinami alebo zaílenými štrkmi. Prevažná časť lokality má preto charakter periodickej mokrade, maximálna výška vody je dosahovaná v jarných mesiacoch. Jadro tvorí porast slatinného jelšového lesa. Predstavuje posledný zachovaný fragment šúrov – močaristých lesov v oblasti medzi Bratislavou, Modrou a Bernolákovom, ktoré boli v historickej dobe zlikvidované, a zároveň je najrozsiahlejším lesom svojho typu v strednej Európe. Okolie jelšového lesa tvoria najmä botanicky významné zamokrené lúky a bývalé pasienky. V južnej časti sa nachádza komplex dubovo-brestovo-jaseňového lužného lesa (Panónsky háj) a zvyšok bývalých pasienkov s charakterom slaniska. Šúr bol ako jedna z prvých troch lokalít Slovenska zapísaný do zoznamu medzinárodne významných mokradí podľa Ramsarskeho dohovoru. Územie bolo v minulosti čiastočne odvodnené, najmä vybudovaním Šúrskeho kanála v rokoch 1941-1943, ktorý zachytáva väčšinu povrchovej vody pritekajúcej z Malých Karpát. Vodný režim je preto narušený a v hydrologicky slabých rokoch trpia biotopy nedostatkom vody.
V západnej a južnej časti územia je vybudovaný náučný chodník. Má dĺžku približne 4,1 km. Začína pri vyústení Fanglovského potoka do Šúrskeho kanála pri meste Svätý Jur a končí pri juhozápadnom okraji obce Chorvátsky Grob-Čierna Voda. Prechod trvá približne 1 hodinu. Na oboch koncoch trasy sú úvodné informačné panely a medzi nimi je 6 tematických panelov. Náučný chodník prechádza prevažne Panónskym hájom, jedna vetva chodníka zachádza na okraj slatinného jelšového lesa. Na trase sa turista zoznámi s prírodnými hodnotami chráneného územia, ich stavom a vývojom v uplynulom období. Zaujímavosťou je aj dokumentácia historických udalostí v rezervácii a ich konfrontácia so súčasnosťou. V Šúri má svoje sídlo Biologická stanica Prírodovedeckej fakulty Univerzity Komenského, kde okrem iného aj dnes nájdeme niektoré budovy bývalého miestneho vojenského tábora.
Z významných rastlinných druhov sa tu vyskytujú napríklad perutník močiarny, bublinatka obyčajná, okrasa okolíkatá, iskerník veľký, žihľava kyjevská, bleduľa letná, vstavač úhladný, horec pľúcny, pichliač úzkolistý, skorocel prímorský, palina slanomilná, vstavač obyčajný a mnoho ďalších.
Vzhľadom na rôznorodosť biotopov územia Šúru je aj fauna tohto územia druhovo veľmi pestrá. Periodické tône jelšového lesa vytvárajú vhodne podmienky pre život vodných živočíchov. Bohatá je najmä fauna vodných bezstavovcov, napríklad vzácne a ohrozené vodné slimáky alebo rôzne druhy kôrovcov (štítovce, žiabronôžky). Vyskytujú sa tu mnohé druhy hmyzu ako napríklad bystruška bažinná, roháč veľký, fúzač veľký či vidlochvost ovocný. Jelšový les je v jarných mesiacoch významným biotopom pre rozmnožovanie obojživelníkov, najmä skokana štíhleho, skokana ostropyského a mloka dunajského. Z ďalších stavovcov tu žije napríklad čík európsky, užovka stromová, bocian čierny, orol kráľovský, kaňa močiarna či rybárik riečny. Z cicavcov je tu početná srnčia a diviačia zver, bežné sú aj kuny a líšky. Z Malých Karpát schádza do jelšového lesa aj časť jelenej populácie. Z minulosti sú známe údaje o výskyte dudka chochlatého, krakle belasej a hraboša severského panónskeho.